Im Gegensatz dazu überrascht die große Zahl (1118) an Urkunden (1258–1847). Sie wurden vermutlich separat in einem stabilen und feuersicheren Gewölbe aufbewahrt.

Als 1742 die Panduren des Freiherrn von der Trenck die Stadt in Brand steckten und plünderten, wurden sämtliche Kirchenbücher der Pfarrei Sankt Jakob vernichtet.

Allerdings lässt sich nicht jede Lücke im Bestand mit einem Feuer erklären. Teilweise scheinen Akten und Amtsbücher auch beim Altpapierhändler gelandet zu sein oder gingen wegen mangelhafter Unterbringung und fehlender Aufsicht verloren.

Das Stadtarchiv setzt sich heute in seinem Kern aus der Überlieferung der hiesigen Stadtverwaltung, der unter städtischer Verwaltung stehenden Stiftungen sowie der ehemals selbstständigen Gemeinden zusammen. Letztere kamen als Folge der Gebietsreformen von 1946, 1972 und 1978 hinzu. Allerdings können die Unterlagen der kleineren Kommunen dem Familienforscher in den seltensten Fällen weiterhelfen.

Ein Grund besteht darin, dass diese Gemeinden erst zu Beginn des 19. Jahrhunderts ihre Angelegenheiten selbst regeln konnten und somit eigene Akten anlegten. Weil es aber wiederholt zu erheblichen Verlusten kam, finden sich kaum Schriftstücke, die vor 1869 entstanden. Vielfach sind die Aufzeichnungen erst für das 20. Jahrhundert vorhanden.